La prima pietra della chiesa di Cepina, dedicata alla Vergine Assunta, fu benedetta nel 1356. L’edificio, ad unica navata con tre altari, raggiunse le dimensioni attuali solo alla fine del XV secolo. Dal 1498 al 1503 venne infatti rimaneggiato, come testimonia l’affresco attribuito a Giovannino da Sondalo, datato appunto 1498, conservato nella lunetta esterna. Il dipinto, commissionato da Giovanni Falaguera, influente personaggio del paese, raffigura la Trinità fra i santi Gervasio e Protasio (chiaro segno di riconoscenza verso la pieve bormina).
Nel 1506 vennero consacrati anche gli altari laterali, intitolati rispettivamente alle sante Marta, Maria Maddalena, Caterina d’Alessandria e Barbara (sulla destra) e ai santi Sebastiano, Rocco, Antonio e Pantaleone (sulla sinistra).
L’opera d’arte principale conservata nella chiesa è l’ancona quattrocentesca, posta un tempo (fino al 1744) sull’altare maggiore ed ora appesa sulla parete di sinistra. Il prezioso trittico in legno intagliato e dorato è di provenienza nordica, ma non si conosce né il committente, né il nome dello scultore o della bottega che lo realizzò. Leggenda vuole che esso sia stato acquistato dai Cepinaschi a S. Maria Monastero, approfittando della svendita delle immagini della Vergine e dei Santi che s’accompagnò alla diffusione della Riforma protestante. Il magnifico Flügelaltar (altare con le ali, ossia con sportelli apribili) presenta tratti tipici, come l’uso abbondante dell’oro e di elementi decorativi, del gusto scultoreo di area tedesca. L’ancona poggia su una predella divisa in tre scomparti. Nella nicchia centrale è collocata una Natività scolpita a tutto tondo, ai lati le statue di S. Antonio Abate, presentato con un maialino, e S. Rocco, affiancato dall’angelo che mostra il bubbone della peste. Nella parte superiore è adagiata al centro la statua della Vergine in trono con il Bambino, poggiante su un basamento decorato con girali d’acanto, affiancata da S. Barbara, con il calice, e da S. Maria Maddalena che regge in mano un libro.
Gli sportelli laterali, che venivano chiusi nei giorni feriali e aperti in quelli festivi, presentano all’interno, rispettivamente a destra e a sinistra, le scene in alto rilievo della Presentazione della Vergine al tempio e dell’Assunzione e, all’esterno, dipinte a tempera, l’Adorazione dei Magi e i Magi in viaggio. L’Adorazione dei Magi sembra riproporre una xilografia realizzata da Albrecht Dürer per il suo famoso ciclo sulla Vita della Vergine. La somiglianza è tale che qualcuno ha persino ipotizzato che l’altare a portelle provenga dalla bottega del famoso incisore e pittore tedesco. Sul retro dell’ancona è dipinto a tempera magra il Cristo incoronato di spine con Maria Maddalena e S. Giovanni Evangelista.
L’altare nel suo complesso pone in risalto, con chiaro intento antiprotestante, soprattutto la figura della Vergine.
L’altare centrale, arricchito da una statua di stucco raffigurante l’Assunta, risale al XVIII secolo e fu realizzato dal maestro ticinese Giovanni Battista D’Adamis. L’altare di destra, in stile barocco, conserva invece, all’interno di una bella ancona lignea, una tela con la Madonna, il Bambino e santi dipinta nel 1671 dal pittore locale Carlo Marni. Quello di sinistra, più modesto, è datato 1659 e custodisce un dipinto raffigurante S. Giuseppe.
